1、农业部都市农业重点实验室学术委员会受上海交通大学的委托，是实验室的学术指导机构。
2、学术委员会由国内外都市现代农业领域的知名同行科学家组成。学术委员会委员的专业特长将涵盖不同学科领域，以保证学术委员会能从相关领域的不同学术角度对实验室的研究方向和工作内容实施有效指导。学术委员会设主任1名，副主任2名，委员19 名，共22人组成。
3、学术委员会主任由上海交通大学推荐，农业部聘任。学术委员会副主任和成员由上海交通大学聘任。原则上上海交通大学的委员应不超过委员总数的三分之一。
4、学术委员会成员每届任期五年，年龄原则上不超过七十岁，每次换届应更换三分之一以上成员。
5、学术委员会的主要职责包括:
（1）指导实验室确立学科布局和研究方向；
（2）审定开放课题基金指南和审批开放课题基金申请；
（3）评议实验室的研究成果；
（4）评估实验室固定人员的科研进展及研究成果；
（5）听取和审议实验室主任的工作报告；
（6）审查和建议实验室有关的主要学术活动；
（7）通过讲学、短期工作、互派研究人员等多种形式支持实验室的研究工作。
6、学术委员会工作方式：
（1）每两年年召开1次学术委员会全体会议；
（2）每年进行1次开放课题基金评审；
（3）学术委员会主任在必要时可临时召集会议；
（4）平时使用各种通讯方式与实验室保持紧密联系。
7、学术委员会遇事需要形成决议时，在发扬民主、充分讨论的基础上进行表决，决议以超过参加表决人数的三分之二为有效。
8、实验室遇有学术方面的重大决策时，应报请学术委员会审议，征求学术委员会的指导意见。
9、实验室应为学术委员会的工作提供方便，通过各种方式为学术委员会了解实验室的工作创造条件。
10、学术委员会成员应积极参与学术委员会的各项活动，支持实验室的工作。对因各种原因不能经常性的参加学术委员会的工作、发挥其正常作用的成员，由室务委员会报请学术委员会主任和上海交通大学批准，可免去其学术委员会成员资格。
11、因工作需要，室务委员会可报请学术委员会主任和上海交通大学科研主管部门，对学术委员会组成进行调整。
12、室务委员会负责组织学术委员会的换届聘任工作。