2008年，农业部都市农业（南方）重点开放实验室成立。2010年，农业农村部对重点实验室重新布局、遴选，上海交大继续承担实验室建设任务，并更名为农业部都市农业（南方）重点实验室。2017年，作为国家农业科技创新体系的重要组成部分，都市农业学科群重点实验室获得农业农村部批准，上海交通大学获批为全国十家重点实验室的牵头单位，承担都市农业学科群综合性重点实验室的建设任务。主要针对我们都市型现代农业和新农村建设重大理论和技术实践等问题，开展技术创新与技术集成示范研究，是我国第一个面向国内外开放的专门从事都市型现代农业应用性基础研究和技术研发的公共平台。